Abrir CNPJ na área da saúde: Simples Nacional ou Lucro Presumido?

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Atualizado em 20 de outubro de 2025 por Redação

Médicos, dentistas, psicólogos e outros profissionais da saúde enfrentam uma rotina intensa de atendimentos, plantões e constante atualização. 

Nesse cenário, surge uma preocupação essencial: como lidar corretamente com as obrigações fiscais e burocráticas da profissão, especialmente no momento de abrir e manter um CNPJ na área da saúde em conformidade com a lei.

Formalizar a atividade como pessoa jurídica vai muito além de uma simples exigência legal: trata-se de uma decisão estratégica que impacta diretamente a rentabilidade da profissão, permitindo organizar melhor os ganhos e ampliar oportunidades de trabalho.

Outro aspecto importante é que, em geral, profissionais da saúde possuem faturamento elevado por CNPJ, o que exige atenção redobrada ao definir o enquadramento tributário mais adequado, ou seja, a forma como a empresa vai pagar impostos. 

A definição do regime tributário, que pode ser o Simples Nacional, o Lucro Presumido ou, em casos específicos, o Lucro Real, impacta diretamente no rendimento líquido mensal. Por isso, contar com contabilidade especializada na área da saúde é essencial para garantir escolhas seguras, eficientes e rentáveis. 

Por que abrir um CNPJ faz diferença para profissionais da saúde? 

Além de dedicação intensa, trabalhar na área da saúde também envolve tomar decisões estratégicas sobre a forma de administrar os ganhos da profissão. Entre elas a de atuar como autônomo ou de formalizar-se por meio de um CNPJ – e a diferença entre esses dois modelos pode ser significativa.

É comum que a maioria dos médicos em início de carreira trabalhem como pessoa física, prestando serviços para hospitais, clínicas, em seus consultórios ou para planos de saúde. Nesse formato, o profissional será tributado como autônomo, o que geralmente resulta em alíquotas mais altas de Imposto de Renda. 

Além disso, há as contribuições ao INSS como contribuinte individual. Embora obrigatórias apenas para quem presta serviços a empresas com emissão de RPA (Recibo de Pagamento Autônomo), elas são altamente recomendáveis a todos os profissionais da saúde, para garantir cobertura previdenciária.

Outro ponto de atenção é a limitação: como pessoa física, o profissional não pode emitir notas fiscais e tem pouca flexibilidade para organizar seus recebimentos.

Ao optar pela abertura de um CNPJ, o profissional da saúde formaliza sua atividade como pessoa jurídica, ampliando as oportunidades de trabalho e tornando-se mais competitivo no mercado. Isso porque muitas vagas de medicina no Brasil são destinadas exclusivamente a prestadores de serviço via CNPJ.

Para quem atua em regime de plantão, ter uma empresa aberta pode significar não apenas economia em tributos, mas também maior segurança jurídica e previsibilidade financeira. 

A formalização permite reduzir a carga tributária, emitir notas fiscais, contratar equipe de forma regularizada, planejar  os lucros e o pró-labore – que equivale ao salário dos sócios -, e organizar o negócio com mais profissionalismo. Outro benefício é o acesso facilitado a crédito e a condições diferenciadas oferecidas a pessoas jurídicas. 

Como funciona a abertura do CNPJ na área da saúde: natureza jurídica e regime tributário

A abertura de um CNPJ na área da saúde pode ser feita logo após o registro no Conselho Regional de Medicina (CRM) ou até de forma simultânea, dependendo da especialidade que o profissional pretende exercer.  Esse também é um passo estratégico que exige atenção a detalhes técnicos e legais.

Nessa etapa, é preciso definir o CNAE (Classificação Nacional de Atividades Econômicas) adequado, que descreve as atividades que a empresa irá desempenhar. Essa escolha é crucial, pois impacta diretamente no enquadramento fiscal e, consequentemente, no valor dos impostos a serem pagos.

Em seguida, é necessário definir a natureza jurídica, ou seja, a forma como a empresa será constituída. Essa escolha define se o profissional atuará sozinho ou com sócios, qual será a responsabilidade de cada um perante dívidas da empresa e como será formado o capital social.

As naturezas jurídicas mais comuns para profissionais da saúde são:

• Sociedade Limitada (Ltda.) – formada por dois ou mais sócios, com responsabilidade limitada ao valor do capital social.
• Sociedade Limitada Unipessoal (SLU) – permite que o profissional atue sozinho, com a proteção de limitar as dívidas da empresa a seu patrimônio pessoal.
• Sociedade Simples Pura – voltada a profissionais liberais que exercem atividade intelectual, técnica ou científica, podendo ser constituída com ou sem sócios.

Após definir a natureza jurídica, o próximo passo é escolher o regime tributário, que determinará a forma como a empresa será tributada. Para profissionais da saúde, os enquadramentos mais comuns são:

• Simples Nacional, geralmente vantajoso para faturamentos menores e que pode oferecer alíquotas reduzidas dependendo do enquadramento nos anexos.
• Lucro Presumido, comum em casos de faturamento mais elevado, quando a tributação pelo Simples Nacional deixa de ser a melhor alternativa.

Em casos mais específicos, o Lucro Real poderá ser o mais adequado para o perfil de faturamento e de atividade do profissional. Essa decisão influencia não apenas a carga tributária, mas também a forma de organizar o pró-labore, lucros e obrigações acessórias.

Após essa etapa, a documentação da empresa deve ser enviada para os órgãos competentes, e a empresa geralmente será registrada como uma microempresa (ME) ou empresa de pequeno porte (EPP), de acordo com o faturamento anual estimado. É importante destacar que profissionais da saúde não podem atuar como MEI (Microempreendedor Individual).

Por fim, a legislação exige que o profissional tenha o acompanhamento de um contador responsável pelo CNPJ, garantindo que todas as obrigações fiscais, contábeis e tributárias sejam cumpridas corretamente desde o início.

A seguir, confira as diferenças entre Simples Nacional e Lucro Presumido, e em quais situações cada um pode ser mais vantajoso para médicos e outros profissionais da saúde.

Simples Nacional para profissionais da saúde

O Simples Nacional é um regime de arrecadação simplificado voltado para micro e pequenas empresas, e muitos profissionais da saúde acabam escolhendo essa opção na hora de abrir o CNPJ. 

Ele unifica a arrecadação de tributos federais, estaduais e municipais em uma única guia chamada DAS, trazendo mais praticidade e organização para o profissional da saúde que atua via CNPJ.

É permitido para empresas com faturamento anual até R$ 4,8 milhões, desde que o CNAE escolhido seja compatível com a atividade médica, odontológica, psicológica ou de outras áreas da saúde.

De acordo com a Receita Federal, os principais impedimentos para uma empresa optar pelo Simples Nacional incluem:

• Ter capital investido em outra pessoa jurídica;
• Ser filial de empresa com sede no exterior;
• Ter sócios que participem de pessoa jurídica com receita bruta global anual superior a R$ 4.800.000,00;
• Contar com sócio domiciliado no exterior;
• Ter débitos em aberto junto ao INSS ou às Fazendas Federal, Estadual ou Municipal, sem que haja suspensão da exigibilidade.

Como funciona a tributação?

No caso específico dos profissionais da saúde, a tributação geralmente ocorre pelo Anexo V, que tem alíquotas iniciais mais altas. No entanto, existe a possibilidade de migração para o Anexo III mediante aplicação do chamado Fator R. 

Esse mecanismo compara o valor da folha de pagamento (incluindo pró-labore) com o faturamento da empresa. Se os gastos com pessoal representarem mais de 28% do faturamento, a empresa pode ser tributada pelo Anexo III (com fator R), com alíquotas mais baixas e progressivas, que podem iniciar em 6%, representando economia significativa em relação ao Anexo V.

Vantagens do Simples Nacional

•       Unificação de impostos: o pagamento é feito em uma única guia (DAS), que reúne tributos federais, estaduais e municipais.
•       Burocracia reduzida: simplificação das obrigações acessórias, o que facilita a rotina.
•       Benefício do Fator R: possibilidade de reduzir a alíquota ao enquadrar-se no Anexo III.
•       Acessível para iniciantes: ideal para recém-formados ou profissionais que ainda estão estruturando seus consultórios. 

Desvantagens do Simples Nacional

•       Alíquotas elevadas sem o Fator R: se a folha de pagamento não for compatível, o profissional permanece no Anexo V, pagando mais impostos.
•       Limite de faturamento: pode ser inviável para profissionais de saúde com receita anual próxima ou acima de R$ 4,8 milhões.

         Menos deduções: não há a possibilidade de descontar despesas operacionais, como ocorre em outros formatos de tributação. 

Lucro Presumido para profissionais da saúde

O Lucro Presumido é um regime de tributação destinado a empresas com faturamento anual até R$ 78 milhões, bastante utilizado por profissionais da saúde com rendimento elevado e que não se enquadram no Simples Nacional ou que buscam maior previsibilidade na carga tributária.

Como funciona a tributação

No Lucro Presumido, a Receita Federal presume o lucro da empresa com base em um percentual fixo sobre o faturamento. Para serviços médicos e de saúde, esse percentual é de 32%. Sobre esse valor presumido incidem o IRPJ (15% + adicional de 10% sobre lucros que excedem R$ 20 mil por mês) e a CSLL (9%).

Além disso, há a cobrança do PIS e COFINS (3,65% sobre o faturamento bruto) e do ISS, que varia conforme o município (geralmente entre 2% e 5%).

Na prática, a carga tributária efetiva costuma ficar entre 13% e 16% do faturamento, dependendo do município e do volume de receitas.

Vantagens do Lucro Presumido

• Alíquotas previsíveis, sem depender do Fator R.
• Possibilidade de distribuir lucros isentos de IR, desde que a contabilidade esteja em dia.
• Em muitos casos, é mais vantajoso que o Simples Nacional para profissionais da saúde com faturamento elevado.
• Limite de faturamento maior (até R$ 78 milhões ao ano).

Desvantagens do Lucro Presumido

• Burocracia maior em relação ao Simples Nacional (obrigações acessórias mais complexas).
• Recolhimento de impostos feito separadamente e não em guia única.
• Alíquota mínima geralmente mais alta que a do Simples Nacional quando há aproveitamento do Fator R.

Simples Nacional ou Lucro Presumido: qual escolher?

Depois de entender as características de cada regime tributário, a pergunta que surge é: em quais situações o Simples Nacional é mais indicado e quando o Lucro Presumido pode ser mais vantajoso? A resposta depende do faturamento, da estrutura de custos e da forma como o profissional organiza sua atividade.

Quando o Simples Nacional é mais vantajoso?

• Para médicos em início de carreira: profissionais que estão começando, atendendo em consultórios menores ou em regime de plantão, geralmente se beneficiam das alíquotas iniciais mais baixas do Anexo III, especialmente quando conseguem atender ao Fator R.

• Para profissionais com poucos custos operacionais: como não precisam manter grande equipe ou estrutura, conseguem manter a folha de pagamento na medida para reduzir a tributação.

• Para quem busca simplicidade: o recolhimento de todos os impostos em uma única guia (DAS) facilita a rotina e reduz burocracia. 

Quando o Lucro Presumido pode ser mais vantajoso?

• Para profissionais da saúde com faturamento elevado: médicos, dentistas ou psicólogos que já possuem ampla base de clientes ou contratos com hospitais e clínicas podem pagar menos impostos nesse regime, já que o Simples pode se tornar mais oneroso em faixas superiores.

• Para clínicas estruturadas: com equipe multiprofissional, secretárias, assistentes e equipamentos, o Lucro Presumido traz previsibilidade e permite maior controle tributário.

• Para profissionais que recebem do exterior: o Lucro Presumido pode ser mais adequado em casos de faturamento internacional ou de recebimento em moeda estrangeira, comum em telemedicina e consultorias especializadas.

Para tomar a melhor decisão, o ideal é fazer uma simulação tributária personalizada, considerando o faturamento, a folha de pagamento, os CNAEs escolhidos e a estrutura de custos da atividade. Uma contabilidade especializada em saúde é essencial para avaliar todos esses fatores e indicar o modelo mais vantajoso para cada caso. 

Vantagens de uma contabilidade especializada em saúde

Diante de tantas regras específicas, a gestão contábil pode se tornar um desafio para médicos, dentistas, psicólogos e demais profissionais da saúde. Por isso, faz diferença contar com uma contabilidade especializada.

As dicas e recomendações acima foram fornecidas pela Contabilizei,  maior escritório de contabilidade do Brasil e líder em abertura de empresas e gestão de CNPJs na área da saúde.